År 1878 bildades Stockholms Högskola för att främja den naturvetenskapliga forskningen och se till att Sverige inte hamnade på efterkälken inom detta område. De gamla statsuniversiteten ansågs syssla för mycket traditionella ämnen som humaniora och teologi. Förebilden till högskolan togs från Frankrike och England. Till en början gavs undervisning i matematik, fysik, kemi och geologi, men snart även i zoologi och botanik.

Att inrättningen kallades Stockholms Högskola var en markering att lärosätet skilde sig från de andra statsuniversiteten, och att det var en fristående inrättning främst inriktad på naturvetenskap. Särställningen markerades bl.a. genom att anställa Sveriges, och troligen Europas, första kvinnliga professor i matematik, Sonja Kovalevsky. Redan under 1890-talet hade studenterna slutit sig samman i en studentkår. Denna innehöll självklart naturvetare och styrdes av desamma eftersom det endast fanns sådana studenter.

I början av 1900-talet utökades utbildningarna till att även innefatta juridik och humaniora. Allteftersom humanister och jurister började blev studentkåren mer uppblandad och en maktkamp blossade upp där Naturvetarna ansåg att juristerna ägnade sig åt ”ofruktbara diskussioner och dialektala övningar”. Efter några år var det dock juristerna som styrde studentkåren och 1914 bröt sig naturvetarna och humanisterna som ett resultat av detta ut ur studentkåren och bildade egna avdelningar, dagens Naturvetenskapliga respektive Humanistiska Förening. Att grodan kom att bli NF:s symbol beror av att en man vid namn Ebbe Linde tog upp ”Små grodorna” som allsång under en julfest i den nystartade avdelningen, och grodan har sen dess varit ett speciellt djur, och ”Små grodorna” vår kampsång.

Stockholms Högskola låg vid den här tiden inne i centrala Stockholm på diverse ställen, men högskolan växte och det börjades sökas efter en plats att koncentrera utbildningen till och expandera på. Högskolan började också få ekonomiska problem eftersom antalet studenter och kravet på dyr utrustning till forskningen ökade. 1960 bestämdes så att Stockholms högskola skulle bli Stockholms universitet och drivas av staten. Man började också projektera för en flytt ut till Frescati, där tidigare lantbruksakademien hade haft sina lokaler.

Naturvetenskapliga Föreningen växte också under dessa år med undantag för några år på det stormiga 70-talet då föreningens verksamhet i det närmaste låg nere. Då försvann tyvärr även stora delar av föreningens arkiv och NF förde en tynande tillvaro fram tills att några eldsjälar drog igång föreningen igen i 80-talets början.

Föreningen har under åren haft sin föreningslokal på ett antal olika ställen i Stockholm, bl.a. på Observatoriekullen vid Stadsbiblioteket där vi höll till fram till 1992 då flyttan gick ut till Frescati och övervåningen på Gula Villan. Där huserade föreningen fram till 2005 då vi intog vår nuvarande föreningslokal, Greens Villa.